动物的排泄、水中的残饵以及生物过滤中滋养的一部分细菌在整个展池中可能影响到生物的生命安全，因此必须有一套杀菌系统。有些地方还在采用氯消毒这种落后，对生物生命存在威胁的杀菌方式，造成海洋生物的死亡，带来了巨大的经济损失。现在先进的海洋馆杀菌养殖用水杀菌方式，臭氧代替氯剂杀菌已经在各大海洋馆运行并取得了良好的效果。
臭氧替代氯剂消毒的好处
1、臭氧具有极强的杀菌性及灭活病毒的作用，可有效防止传染性疾病的蔓延，实验证明，同样浓度的臭氧杀灭细菌和病毒的效果是氯的600-3000倍。
2、臭氧是国际公认的环保型绿色杀菌剂，不会对环境造成任何二次污染。而氯制剂会与水中的有机物反应生成多种氯化有机化合物，如三氯甲烷、氯仿等，这些物质均为公认的致癌突变物。
3、从水中蒸发出来的氯代化合物及氯气等有毒气体，聚集在水池上方不易散去，损害人的呼吸器官，严重影响人们的身体健康，而使用臭氧则不会产生此问题。
4、臭氧是强氧化剂，可有效分解水中的腐殖质，氧化水中的铁、锰离子，分解水中散射光线的微小有机体，从而大大提高水的清澈度，使水呈现出美丽的蓝色，而氯制剂则无此效果。
5、使用臭氧发生器，可大大降低水处理工艺的管理及操作难度，同时臭氧发生器具有很高的安全性，而氯制剂在运输、储藏、使用时具有一定的危险性。
6、臭氧可分解水中的有机物且具有微絮凝作用。臭氧可协助砂滤去除金属盐类及有机物，这是由于有机物在氧化过程中极易成为多极化合物，并能与多价金属阳离子，如钙、镁、铁、铝等，结合成络合物，并成为微絮凝态而被砂滤去除。臭氧能使绿色水变成闪烁、清澈的蓝色。
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